《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年，八国联军攻占北京，并占领紫禁城，皇太后慈禧为避祸携光绪帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫，来到西安，最后又安全回宫的故事。

    慈禧太后临行前，由于政治立场不同的仇恨，将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时，却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样！而这位本名斯琴的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上，给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着夙世姻缘，同时她也和陕西巡抚韩雨轩同样有着千丝万缕的关系。

    太后在经历了饥寒交迫、土匪掠夺等种种困难，来到西安之后，她所要做的第一件事就是拔除西安旧有势力，由她取而代之，她才能够借此谋图东山再起，重回北京。所以她最大的敌人就是陕西巡抚、西安当地最高行政长官――韩雨轩！

    而这位巡抚的情敌陈然，他的父亲是西安首富陈家乐。陈家乐和韩雨轩是世交，他为韩雨轩鞍前马后为虎作伥二十多年，在韩雨轩的庇佑下，他成了西安第一富豪；同时又在他的帮助下，韩雨轩以权谋私，贪赃枉法，也依旧高枕无忧步步高升。

    但是，使两家世交的关系出现第一道裂痕就是陈家乐的大儿子陈然爱上了同样被韩雨轩一见钟情的戏班花旦斯琴。陈然要将斯琴娶回陈家，而作为陈家乐，无论如何也不能允许一个戏子堂而皇之的成为他嫡传长子的妻子。而韩雨轩，更不能眼睁睁地看着心爱的女人和另一个青年才俊双宿双飞。

    于是，陈家乐和韩雨轩设计以一连串的阴谋造成了陈然与斯琴深深得误会――陈然将斯琴看作一个贪财、势力的女人，而痛心的离开了西安，远渡欧洲留学；同时，斯琴以为陈然嫌弃她戏子的出身，而将她抛弃，从此埋头于秦腔艺术，终于成为西安秦腔界的第一花魁白牡丹！

    而陈然在离去时，并不知情的一件事是他和斯琴唯一的一次纵情已蓝田种玉，在他离去后不久，斯琴便产下了麟儿，取名为陈鹏。但这个可怜的孩子在三岁的时候，被韩雨轩暗中指使歹徒抢走，当时疯狂寻找孩子的斯琴在乱坟岗上拾到了孩子的一只小鞋，使她认为孩子八成已被人害死，但由于没有见到孩子的尸首，她又总存着一丝希望，就是她和陈然的这个爱情结晶或许尚在人世。

    慈禧太后来到西安，使得韩雨轩感到了危机日益临近，为了和陈家乐达到共同进退，荣辱与共，他将自己唯一的女儿许配给了陈家乐的二公子陈骏。而这位韩家大小姐韩素云是一个天不怕地不怕，十分泼辣任性的女孩。同时，那位陈家二公子陈骏，却是一个吃喝嫖赌，无所不为的纨绔子弟！素云这个大胆、热情、而追求自由的新女性，绝不能容忍自己嫁了像陈骏这样不求上进，人称“西安第一刁民”的男人做丈夫。而种种机缘巧合之下，她深深的爱上了陈骏的哥哥陈然……