这个世界上生活着各种各样的神奇宝贝，它们与人类共存着。在主人公所居住的真新镇，只要满10周岁就有资格使用宠物小精灵了。 小智是一个非常喜欢宠物小精灵的少年。他对于宠物小精灵有着超出常人的旺盛好奇心，比起其他同龄的孩子们也有着更为丰富的宠物小精灵知识。 等了又等，小智终于10岁了。为了成为宠物小精灵训练家而开始修行之旅的日子终于到来。结伴旅行的最初的宠物小精灵可以从镇上的研究家大木博士那里得到。小智预先决定好想要得到的宠物小精灵后，却在重要的出发当天因为睡懒觉而迟到，他想要的宠物小精灵都被已经开始旅行的前面3位少年拿走了，为此小智还遭到了劲敌小茂的嘲笑。于是小智只好选择了剩下的第4个精灵球。精灵球里装的是叫做皮卡丘的电气系宠物小精灵，是一只不会被人轻易驯服的小家伙。 就这样，小智和皮卡丘出发了。不过，正如预料的那样，皮卡丘不肯听小智的话，也不愿意进入精灵球中。这个时候，小智和皮卡丘遭到了一大群野生宠物小精灵烈雀的袭击。皮卡丘受了伤生命垂危，小智拼命的保护皮卡丘。为了回应小智的心意，皮卡丘用尽最后的力量用10万伏特的电击攻击将烈雀群驱逐。就这样，小智和皮卡丘的友情之旅开始了…