传说自古以来在那岛屿之下的深海里安眠着古代遗迹“海底宫殿”而故事则由两位18世纪真实存在过的女海盗“Anne Bonny”（1697～1720）“Mary Read”（1690～1721）在那里所藏的宝藏而起。我们把视线转回现在，前往神海岛度假的柯南一行人，在倒上遇到了一群怪怪的业余寻宝探险爱好者。按照有少年侦探的地方必会发生命案的定律，在潜水探索海底宫殿时，探险团中的一位成员突然被鲨鱼围攻葬身于这太平洋的神秘之地。为了查明事实的真相，柯南与灰原哀展开了调查，寻宝杀人案件以及海盗宝藏的传说成为2007年柯南剧场版的明暗两线。