在关东地区真心镇的主人公小智，从大木博士那里得到了一只不听话的皮卡丘，但小智通过自己的爱心感动了皮卡丘，并且他们成为了要好的朋友，以口袋妖怪掌门人的目标开始了旅行。在精灵会馆展开激烈的战斗，途中收服了小火龙、妙蛙种子、结尼龟等口袋妖怪，并结识了小霞和小钢两位好朋友。