很久很久以前，有一个很远的地方，那是被迷雾包围的奥露朵兰大陆（故事发生地）。鲁卡力欧（新的神奇宝贝，勇者艾伦的徒弟），在巨岩间穿行，到了一个能俯瞰下方宽阔的山谷的位置。山谷间空无一人，然而它却感觉到了什么。当凤王高高飞过它的头顶时，鲁卡力欧合上了眼睛，感受着这由世界之波的能量形成的景象。它让自己的视线在远处的岩石和群山间穿梭，直到忽然看见一支混杂着人类步兵的巨型神奇宝贝军队正向山谷中央行进，那些士兵们全部穿着绿色的盔甲。与此同时，在山的另一侧，一支同样强大的军队也正向同一个目的地而来，只是队伍中的神奇宝贝不尽相同，而所着的盔甲是红颜色的。看到这两支队伍，鲁卡力欧赶紧走到地面一块结晶般的构造前，透过它向奥露朵兰城堡中的艾伦（勇者，鲁卡力欧的师傅和训练师）汇报。艾伦陪同城堡的女王琳恩（当时的女王）一起，正站在阳台上俯瞰着这整片大陆。他从阳台上一块类似的结晶构造中听到了鲁卡力欧的声音。现在除了用最后的方法结束红绿两股势力的战斗外已经别无选择，如果任其照这个速度发展下去，战争很快会威胁到“创始之树”的圣地的。艾伦跳上比雕，向火药味正浓的山谷飞去……