来自宇宙K隆星，以侵略地球为目的Keroro军曹和他的四名队员，在不知不觉间日渐适应了蓝星(地球)的生活。在日向家一边寄住，一边等待侵略时机到来的Keroro，与冬树成为好朋友，但因沉迷高达模型而惨变家务阿四。
　　某天，Keroro跟冬树一起去买他最喜欢的高达模型，在回家的路上，俩人发现一间不可思议的庙宇，并不小心打碎了里面供奉著的壶。第二日便开始发生奇怪的事件，每个人的面上身上都被标记上”X”的印记，身上有印记的人可以知他人内心的想法，但同时人门都因此对生存失去乾劲，也对身边的人失去信心。
　　原来那个被打碎的壶，是封印著K隆星远古时代的最终兵器Kiruru，Kiruru以人们对彼此失望等负能量为食物，开始其毁灭地球的行动。与此同时，掌握著Kiruru秘密的神秘外星人Mirara出现了。究竟Keroro小队会选择捍卫地球? 还是进攻地球？一场笑震宇宙的太空战争发动了！