白色要塞号缓缓驶进SIDE7一号殖民卫星的宇宙港。舰上，联邦军机动战士的设计者，蒂姆·利大尉正在为即将见到久别的儿子阿姆罗而喜悦。但谁都没有想到，一队属于夏亚指挥下的吉恩侦察特攻士兵，也在此同时驾驶着扎克的叁机编队，潜入了卫星。
　　联邦军竟然也拥有了MS!为这一发现惊愕不已的吉恩士兵，决定趁这些MS正向战舰运送时，将它们全部摧毁。在尚没有经培训的MS机师的白色要塞而言，悲惨的命运似乎已无法回避。然而，大出双方所有人意料之外，联邦军的主战MS，RX－78高达，竟然从输送卡车上站起，像一位白色巨人傲然立于大地!
　　挺身而出驾驶高达迎战敌人的，正是高达设计者蒂姆大尉的独生子，喜爱机械的少年阿姆罗·利，在这场史上首次MS间发生的对战中，充分显示了高达作为MS压倒性的强大，而阿姆罗亦以一介生手在初阵时便击毁两架扎克的战绩，展现了他作为MS机师的超凡才能，并且，随后与来袭的赤色彗星夏亚的几次交手，确定了其王牌机师的地位。而阿姆罗与夏亚之间作为宿敌长达十五年的对峙，也从这时开始。
　　虽然免于被消灭的命运，但白色要塞方面的损失也是无法否认的：蒂姆大尉在战斗中失踪(被爆炸的气流冲击到宇宙空间，后经漫长的漂流终于获救，但因氧气缺乏症的影响，在SIDE6过着形同废人的生活)；而白色要塞的舰长保罗，也因在战斗中负重伤而死亡。接任舰长的是名叫布莱德·诺亚的士官生，加上临时代理领航员的名门千金，后来成为布莱德夫人的美拉，以及MS机师侯补生隆，还有与阿姆罗同样来自民间，因人手不足而乘上MS钢加农及钢坦克协同阿姆罗作战的少年隼人及凯等等。就这样在几乎没有老练的正牌军成员的情况下，由几乎全是年轻人的组成的白色要塞队开始了突围。经路纳Ⅱ的战斗后，白色要塞向地球南美洲的加布罗要塞前进。
　　追击白色要塞的夏亚，与吉恩地球方面军总司令卡尔玛·扎比会合。两人同样是吉恩军中的少年英才，这自然给白色要塞队带来了巨大的压力。10月4日，在极端被动的情况下，布莱德设下了陷井作战计划，事实上该战术为驾驶红扎克的夏亚所发现，但夏亚却故意将卡尔玛引入白色要塞队的埋伏，使卡尔玛葬身在舰炮的炮火中。
　　原来，夏亚·亚兹纳布尔实际上的身份，是已故的吉恩·兹姆·戴肯之子，原名加斯巴尔·利姆·戴肯，平时总戴着假面或墨镜，并非遮掩伤痕，而是为不让人认出本来面目。他投身吉恩公国，实际目的是向扎比家复仇，将之毁灭。扎比家的第四子卡尔玛，便是他的第一件祭品。
　　卡尔玛之死，激起了吉恩公国的强烈反应，扎比家的长子，吉伦于10月6日发表向全地球圈放送的演说，展开更大的攻势欲为卡尔玛复仇。
　　同月，联邦军的MS投入大量生产，其中以型态与高达相似的RGM－79“GM”为主，至11月底GM开始用于实战。而吉恩公国方面则将更多的新型强力MS投入战场，同时加紧对NEW TYPE用于实战发挥的研究。
　　此时的阿姆罗，正面临情绪的底谷：“青色巨星”兰博·拉鲁等强敌不断袭来、母亲对他作为军人的不谅解、自身作为重要战士所承受的巨大负担……各方面压力几乎不堪忍受。然而，正是因为经历这一切，使他已成长起来。同时阿姆罗作为NEW TYPE的代表，使这种能力的重要性受到联邦军内的日益重视。
　　11月7日，联邦军发动夺回俄罗斯地区的奥德赛作战，为时3天的战役以联邦军的胜利告终，阿姆罗在此战中，创出了击败黑色叁连星的着名佳绩。其后公国军对加布罗的攻击亦被联邦军击败，整个战局形势逆转。
　　12月14日，联邦军发动了以吉恩本土为目标的星1号作战；15日，对北美、非洲等地的公国军展开扫荡；24日，联邦军在宇宙发动所罗门攻略战，在这场战斗中，扎比家担任宇宙方面司令官的第叁子多兹鲁中将，为掩护自军撤退，亲自驾驶巨型机动装甲(MA)“魔霸”与阿姆罗的高达交战，最终为阿姆罗击败身亡。