15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人，开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。镜头转到正在太平洋上航行的豪华客轮阿芙洛迪特号上，这是根据希腊神话中的代表美丽的爱神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，参加这首船的处女航。理所当然，这么受到瞩目的豪华客轮，参加处女航的都是些政界、社交界的绅士名媛。然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了杀人案件。被害者正是这次处女航的主办人，八代客轮的社长八代贵江，她是半个月以前车祸身亡的八代英人的妻子，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失…… 获悉此事的目暮警官带着一群警察上船来搜查，同时...