第一集

　　中宗得知皇后下令要求长今做长今宁死也不愿意做的事情，便下令任命长今为中宗的主治医官，引起宫廷轩然大波。闵政浩与长今准备搭船离开时，副官和右议政快马加鞭赶来，阻止闵政浩去路，右议政对闵政浩晓以大义，希望闵政浩和长今都回到宫廷，而且要求长今拒绝皇上的任命，闵政浩却坚持希望长今接受中宗旨意，唯有这样长今才是做原来的自己，当长今接受中宗的旨意，果然朝廷一片混乱，众多儒生群起反抗，中宗却坚持己见，不愿意改变心意，连生被太后和皇后叫到中宫殿，太后厉声责问连生为甚么安排中宗与长今单独对谈之事，连生一时心急紧张不安，引起早产，幸好长今细心照料连生度过生死难过顺利产下小公主宫中洋溢一片喜悦……

　　第二集

　　庆源大君突然生病，高烧不退，引起内医院一阵惊慌，而长今坚持婉拒担任中宗的主治医官，闵政浩对长今如此轻易放弃感到遗憾，此时京城已经开始传出痘疮病症，长今深入乞丐的住处，愿意一个人和患有痘疮的小朋友被隔离在茅屋，专心替孩童治病，内医院禀报中宗和皇后，庆源大君的症状正是痘疮，皇后痛哭流涕，亲自出宫找寻长今，此时虽然长今已经治好痘疮的孩童，但是并不知道确切的病因，奉皇后之命回宫之后，与所有内医院医官和医女一心一意同心协力，治疗庆源大君，庆源大君终于康复，完成困难的使命，皇后对长今另眼相看，对过去自己所犯下的错误请求原谅，而中宗也不顾朝廷众臣反弹，执意要任命长今为从六品主簿……

　　第三集

　　中宗执意命长今为主治医官，引起宫内不小波动，不只朝廷众臣议论纷纷，太后娘娘甚至在大殿门口跪席待罪，中宗无法承受不孝的罪名，答应太后收回任长今为主治医官的成命，但是对于自己的懦弱和无能甚为感叹无奈，由于中宗心事繁重忧心忡忡，因此长今时常劝中宗要如何打开心门，将自己内心的苦闷向最信任的人倾诉，中宗和长今接触频繁，太后认为既然中宗喜爱长今，就应该立即封长今后宫牒纸才是，消息传出，长今再次陷入无尽的痛苦深渊，立即求见皇后娘娘，希望皇后娘娘了解自己的心意不要下赐后宫牒纸……

　　第四集

　　中宗逼问长今是不是爱慕闵政浩．长今坦承相告，心中却暗地担心会不会连累闵政浩…… 第二天中宗约闵政浩比赛射箭，一时难忍心中的愤恨，想要一箭射死闵政，但是终于忍住……中宗犹豫到底要不要封长今为后宫，此时闵政浩求见，告知中宗他曾经打算和长今一起逃离宫廷，但是又回到宫廷来，那是因为长今必须要发挥她的所长，继续行医，这是他爱慕长今的方式，也恳求中宗爱惜长今的才华，不要封长今为后宫，但是要命长今做中宗的主治医官，中宗终于下定决心，不畏一切艰难，命长今为正三品堂上官，下赐大长今的称号，闵政浩则被流配到异……

　　第五集

　　长今将自己所研究学习的成果告知申益必和郑云白，希望得到支持可以帮中宗施行手术，但是所有的人并不支持长今的做法，长今苦无他法，眼见中宗病情每况愈下…… 中宗隐密下令．让内侍府的人将长今送到闵政浩被流配的地方，希望两人远走他乡，避免被朝廷官员追杀，但是长今坚持不愿离去，此时传来中宗驾崩的消息，各地已经张贴逮捕长今的布告……

　　第六集（大结局）

　　多年后长今和闵政浩结为连理，生下一女，但是还是过着颠沛流离的逃亡生活．连生向皇后禀报得知长今的消息．皇后立即恢复两人身分，请两人回到宫廷，长今与多年不见的友人相见，喜极流泪……