第一集

　　长今正式开始接受医女教育训练，遇到一位严厉的医学教授。对于长今在途中帮一位户判大人的公子治病事情相当不满，因此还没开始正式上课，就被教授视为眼中钉，此后教授更是处处难为长今，虽然长今表现优异，不过 申 教授对于长今始终不假辞色， 申 教授的考试等级分为五等，如果得到三个不通就会被淘汰，长今已经被申教授记了两个不通，万一这次的考试再不通过就必须要被淘汰……

　　第二集

　　长今与信非相互激励，努力学习，成为医女训练班的最优秀学生。张德远从济州来看长今，长今喜出望外，同时郑云白也带来一个坏消息：告知长今已经得到三个不通，显然不能留在宫廷做医女。原来是 李 教授公报私仇，故意刁难长今和信非。 申 教授虽然据理力争， 却被李 教授威胁，万不得已 申 教授决定让所有的医女训练生，不通过这次的考验，惹恼了督提调，督提调决定亲自来检定这批医女，意外发现长今等人非常杰出，长今终于如愿以偿进入内医院做医女， 开始崭新的生活……

　　第三集

　　皇后娘娘突然有流产迹象，内医院召集所有相关人员开紧急会议，此时御膳厨房最高尚宫也进入内医院开会，长今和今英终于相遇。多年不见，竟然在这样的场合，并且各以不同的身分相见，两人难免震惊。当崔尚宫见到长今回到宫廷来，也忍不住惊讶与愤怒。内医正郑允寿居心不良请崔尚宫放心，并且答应崔尚宫尽快想办法将长今逐出宫廷。皇后娘娘身体一直没有好转，长今虽然对于内医院第一医女阿烈的诊脉持有不同的意见，但是只能在心中存疑不敢明说……

　　第四集

　　皇后娘娘自从小产之后，身体一直无法恢复健康。内医院诸位医官以及医女甚为忧心，却又苦无其它办法。此时，信非将长今与阿烈的诊脉结果并不相同的事实告知申主簿，申主簿大为惊讶，认为此事非同小可，内医院紧急开会并且决定由长今和阿烈重新再来诊断一次，阿烈认为皇后娘娘的脉象是牢脉，而长今则是把出散脉，散脉意谓皇后娘娘的腹中还有死胎，但是大家分明亲眼见到皇后娘娘已经产出死胎，万一娘娘腹中真有死胎，除非娘娘怀的是双胞胎，但是皇室内从未有过双胞胎前例，但是郑云白相信长今为皇后所把的脉，并且决定使用佛手散芎（ㄑㄩㄥ ˊ ）归汤，皇后娘娘终于产出另一个死胎恢复健康，众人对长今的把脉正确而另眼相看……

　　第五集

　　太后娘娘陈年老疾日益严重，此时又听信崔尚宫的谗言，不愿意接受申主簿的治疗，并且不假辞色斥责中宗退出太后殿。中宗与皇后为此烦忧不已…… 并且决定先罢除申主簿医官之职，以求太后息怒。如果太后还是不肯接受治疗，中宗甚至准备再设昭格署恢复功臣田，只求太后娘娘接受治疗。长今眼看申主簿即将被撤销官职，不顾性命危险，希望与太后娘娘对弈，以自己的性命作为赌注。太后对于长今的胆识与急智甚为慑服，决定给长今一次机会，但是当太后决定接受治疗时，却已错过最佳治疗时机，深受病痛之苦，连汤药都无法喝下，不但惊动宫廷，甚至中宗也闻风赶到太后殿……

　　第六集

　　皇后怀念过去长今所做荞麦年糕的美味…… 请长今再度展现手艺，长今满怀兴奋诚心准备。皇后娘娘吃到美味的荞麦年糕，心满意足称赞有加，今英看在眼里怀恨在心，因此吩咐阿烈必须要想法子将长今赶出宫外。此时，传来京城附近爆发疫病，中宗甚为震惊，派监赈御使以及医官和医女等人到疫区为百姓治病，长今被阿烈陷害被派至疫区，当疫区病情无法控制京城下令要封锁整个村子，阿烈又故意不告知长今，将长今与疫区村民一起封锁在村子里面，无法离开，长今万念俱灰…… 未料闵政浩发现长今没有及时到达集合地点，回到村子来找长今……

　　第七集

　　长今一个人被留在封锁的村庄里面。而当长今知道自己是被刻意遗弃在疫区，长今失望伤心，难掩悲痛。闵政浩除了安慰长今，同时打算带长今离开疫区，不过村内的百姓有些人病痛；还有些人是照顾病患的一般村民，长今又怎么忍心丢弃这些人独自离开？因此决心留在疫区照顾村民。闵政浩也快马加鞭到各处去找寻药材，甚至将张德带回疫区一起照顾疫区病患。长今发现菜园里面的蔬菜都腐烂，而且扩及各地，与张德讨论过后得到结论，百姓们并不是得了传染疫病，而是因为吃下病变的蔬菜引发的食物中毒，立即回宫禀报这件事实，崔尚宫却认为这只是长今与闵政浩搪塞延迟回宫的理由，并且决定亲自尝试食用腐烂的蔬菜，确认长今所言是否属实……

　　第八集

　　闵政浩与长今因为没有在规定时间内到达集合地点 受到处分，闵政浩被罢除官职，幸由一位隐居草野的官员详细写了一封文情并茂的上疏给中宗，中宗得知其中原委，立即召回闵政浩并且予以升迁，而长今也因闵政浩力保得以继续留在内医院。连生怀孕的消息传开，并被册封牒纸为从四品淑媛娘娘，而内医院指定由阿烈负责照顾连生，阿烈明知连生身体状况不适，有风热症状，却告知连生只是孕妇血虚症状，让连生吃下不该吃的食物，目的只是希望造成连生小产，幸好长今听连生诉说自己的病状时，再度替连生诊脉，查出原因告知申主簿，希望可以挽回连生肚子里的小孩……

　　第九集

　　长今识破阿烈的诡计，立即上报申主簿，申主簿等人经过再度诊脉得知连生并不是血虚引起晕眩头痛等症状；而是因为风热所引起，阿烈的行为虽然引起申主簿强烈的质疑，不过阿烈坚持否认事先知道连生的状况，因此也只能让阿烈自我反省，今英知道自己无法挽回闵政浩的心意，决定与闵政浩情断义？但是难掩心中失落与伤痛…… 长今为了替韩尚宫洗却污名怨恨，决定去偷内书库的皇上病簿日志手抄，希望日后好好研究，未料却被内侍府的内侍盘查，长今情况危急，幸有张尚膳出面保住长今……

　　第十集

　　崔尚宫对于张尚膳保住长今非常气愤不满，因此透过崔判述找到内需司的内侍不法情事加以威胁，逼内侍说出长今违反宫廷法道的事实。内医正等人对于皇上的病情迟迟无法找出正确的原因，崔尚宫和今英为了讨好皇后娘娘，特地献上远从大明国带来的稀世补品猴头菇熬汤献给中宗，未料中宗食用之后，当夜再次昏倒。内医正顺水推舟将中宗昏倒的原因归咎到御膳厨房，今英立刻被软禁在内需司，而崔尚宫则是气急败坏的找崔判述帮忙，认为这是内医正的误诊，才会导致中宗昏厥，不过这次的事情与上次中宗昏倒的事情环环相扣，崔尚宫等人也不敢太张扬，长今被内需司的人捆绑带离出宫，性命危在旦夕……

　　第十一集

　　长今因皇后娘娘的密令得以延续性命，不过必须要找出中宗的病因，在这之前要先到多栽轩隐居研究中宗病情。能够让长今在瞬间转危为安是因为闵政浩在紧急时分想出来的好法子，闵政浩又请来张德陪同长今一起治疗伤寒病患，也希望长今从治疗这些病患当中，得到一些可以治疗中宗的启示。中宗再次昏倒，郑允寿用过去同样的方法，陷害是膳食方面出了问题，这次轮到今英和崔尚宫等人被关进义禁府，长今终于研究出可以治疗疑似伤寒病症的妙方，如果将这妙方公诸出来，就可以让崔尚宫和今英脱离险境，此时，长今心中犹豫，不知道该如何下定决心……

　　第十二集

　　郑允寿翻遍医书找寻中宗的病因，申主簿与郑主簿也认真查询中宗病因，当内医院得知长今回到宫廷来，莫不惊讶！尤其当长今说出中宗的病状，却不知病名为何，郑允寿断定这就是西汉张仲景金匮要略书中所提及的狐惑病，并且说出处方，却与长今的处方大相径庭，皇后正在犹豫不决之时，吴兼护等人力挺郑允寿，因此决定用郑允寿的处方治疗中宗，未料中宗腹痛难耐长今所预言的病症一一出现，因此皇后决定信任长今，让长今放手一博治疗中宗，但是中宗又出现了失明的症状，皇后又急又气下令将长今与闵政浩抓起来予以严厉惩处……

　　第十三集

　　长今治好了中宗的眼疾，皇后喜出望外，中宗对长今也是另眼相看，从此皇后对于长今更是信任依赖，而内医正内心愧疚，难以平复终至自尽崔尚宫等人因内医正自尽，认为事情总算告一段落，未料长今告知手中握有内医正死前写给长今的遗书，希望崔尚宫等人自己说出真相，诚心向韩尚宫和母亲请求原谅，不过崔尚宫等人对于长今握有内医正遗书半信半疑，并且积极安排令路离开宫廷，以绝后患，吴兼护终于查出崔尚宫家族和长今之间长久以来的恩怨是非，不愿意牵涉其中，准备劝说令路到义禁府将事实真相揭晓，以定崔尚宫等人罪行……

　　第十四集

　　尹尚宫带着崔尚宫给她的银票和吴兼护右相给她的银票去找长今，希望藉由协助长今定崔尚宫等人的罪行而保障自己未来可以登上提调尚宫的位置，长今明确告知，她不接受任何不正当的交易，当尹尚宫决定到司宪府告发崔尚宫等人的罪状途中却被崔判述手下掳走，崔尚宫使出反奸让尹尚宫和阿烈等人将所有的罪行导向吴兼护所为，并且杀死尹尚宫企图脱罪，甚至先到太后娘娘处告状要将吴兼护等人连根拔除，而当太后得知长今手中握有内医正的遗书要求长今交出来，长今只好承认自己并没有内医正遗书，此时，崔尚宫更是志得意满，认为自己已经胜券在握。中宗下令要求全面清查硫磺鸭子事件，在大司宪的主导下，所有关联硫磺鸭子事件的人必须到场说明当时情况，会议途中，赫然见到死去的内医正出现，引起众人诧异……

　　第十五集

　　内医正出现之后，硫磺鸭子事件总算水落石出，沉寂多年的案子告一段落，而崔尚宫还是不肯接受事实，做最后的挣扎，使尽方法希望见到太后娘娘和中宗，却不得其门而入，一个人独自到明伊的坟前将自己多年来埋藏心底的话诉说给明伊，除了希望得到明伊的谅解，但是也表示会继续这场战争，当崔尚宫准备到义禁府替今英脱罪时，不慎摔落山谷，终于身亡…… 而吴兼护、朴副兼崔判述和今英以及内医正和阿烈等人都被判刑或流配或罢职…… 中宗大喜，除了奖赏长今之外也答应长今恢复韩尚宫以及长今母亲的身分，并且让长今了却多年来的心愿，暂时代理御膳厨房的最高尚宫职位……

　　第十六集

　　中宗问及长今是不是多年前送酒的小朋友，长今称是，中宗大喜认为这真是奇妙的因缘…… 并且答应长今的要求到活人署去工作。最近以来闵政浩对长今甚是冷漠，长今百思不得其解终于忍不住向闵政浩倾诉思念之情，原来闵政浩只是希望长今也要尝尝甚么是思念之苦，两人相对开怀大笑感觉彼此的心意。闵尚宫经过御膳竞赛，赢得御膳厨房最高尚宫的职位，战战竞竞准备皇上膳食未料却得到中宗的赞赏，喜出望外…… 皇后命长今回宫，希望长今照顾世子病情，经过至密尚宫的解释，长今得知皇后的另一层意思，长今陷入痛苦，最后选择逃离此地，要求闵政浩带她一起离开这是非之地……